本学院は明治15年11月一品有栖川宮幟仁親王の令旨を奉戴して東京市麹町区飯田町に創設された皇典講究所の分所として明治18年10月京都市内に設立された京都府皇典講究分所を母体とする。そして現在令旨の趣旨を体し本学院は神社本庁より神職養成機関として認可され学校法人 京都皇典講究所 京都國學院と称する。爾来令旨を建学の精神として数多くの有能な神職を斯界に送りだし百年を越す歴史を歩み続けてきているのである。
 

明治15年11月4日 有栖川宮の令旨を奉じて、東京飯田町に皇典講究所創設さる。
明治18年10月24日 京都府知事北垣国道の許可を得て、京都市下京区烏丸通綾小路上ル水銀屋町624(川村六兵衛氏より買入)へ京都皇典講究分所を設立する。
明治19年1月13日 京都皇典講究分所開会式を行い、学階の試験並びに講習を開催し、神職たらんとする者の養成に当る。
明治23年7月 皇典講究所より分所の事業を次の通り示達
1.分所ハ学階授興規則乃細則ニ拠リ、神官試験法ヲ行フベシ。
1.分所ハ本所所定ノ学制に拠リ生徒ヲ教養スベシ。其卒業生ハ、小学校教員タルノ資格ヲ得セシムベシ。
1.分所維持法ハ各地ノ適宜ニ依テ、之ヲ定メ本所ニ届ケ出ヅベシ。
明治32年9月18日 文部大臣の許可を得て、組織を社団法人とし、京都府皇典講究分所と改称し、社員神職集合して、国典、社式に関する知識を研究し、仝分所の事業として教育部を設け、一般志願者に対し、国典、祭式作法の試験を執行す。
明治36年2月2日 明治35年6月13日付にて出願許可を得たる私立学校国史、国文講習会を府下官国弊社神職共同事業として、京都府皇典講究分所内に設立す。
明治38年8月4日 上京区一条通烏丸西入広橋殿町405番地黒川光景氏所有地へ移転改築し、竣工式を挙行す。
宅地 363坪5合5勺
建物 145坪2号5勺 5棟
当日久邇宮多賀王、鳩彦王、稔彦王3殿下のご台臨あり、金一封を賜る。
明治40年3月23日 京都府知事より正式に私立学校として認可され、(京都府指令第1793号「私立京都府皇典講究分所教育部」)を開黌す。
  修業年限  本科 2ヵ年
          予科 1ヵ年以内
  定員     50名
○明治36年5月8日、国史、国文講習会卒業生が初めて無試験検定により学階を授与されてより、全国府知事の許可を受ける迄の卒業生を、国史、国文期と謂い、認定後の明治41年卒業生を第1期とす。
大正13年4月1日 学則改正、科を分けて本科、予科の2科とし、神職並に小学校教員たらんとする者を養成することとし、従来の名称「京都府皇典講究分所教育部」を「京都國學院」と改称す。
  修業年限  本科 2ヵ年 100名
          予科 1ヵ年 50名
大正15年8月17日 東山区今熊野日吉町太閣、豊国神社境外地内へ校舎新築に付、事務所を移転す。
大正15年11月3日 新校舎竣工式挙行
神宮祭主宮殿下御台臨
昭和8年4月 小学校教員の養成を当分廃止し、専ら神職養成とす。
昭和21年2月3日 神道指令により神祇院は廃止され、又皇典講究所も他の大日本神祇会、神官奉斎会と共に発展的解散により宗教法人神社本庁が設立される。
昭和22年3月 皇典講究所が廃止され、新に神社本庁が設立されたことにより従来卒業生に与えられていた一等司業等の神職資格は廃止され、神社本庁より、新に神職資格として、正階又は直階が与えられることとなる。
昭和23年4月 昭和23年度より1年生の授業は従来通り、寄宿舎又は自宅通学により学習に従うも、2年生は特定の神社に分散寄宿し社務実習を行い、学習は週2回(月・水)登校して行うこととなる。(特定神社)石清水八幡宮、八坂神社、北野神社、松尾神社、吉田神社、平安神宮、稲荷神社、上賀茂神社、下鴨神社等
昭和26年4月2日 本学院校地の一部が国有地であったことよりその返還を求められた結果、国有地を返還し、本学院の所有地を隣接せる、京都女子大学に譲渡すこととなった。
昭和26年7月6日 上京区河原町荒神口南へ二筋西入、元九鬼男爵所有土地250坪、建坪70坪を2階建価格120万円にて買収し、その移転登記の手続きを完了す。
昭和30年11月30日 「京都府指令10文第3074号」
昭和30年9月10付で申請のあった学校法人京都皇典講究所設立については、私立学校法第31条の規定により認可する。
昭和30年11月30日  京都府知事蜷川虎三印
新学制下に於て正式に学校法人京都皇典講究所・京都國學院として認可を受ける。但、入学資格は新制高校卒又は旧制中学校並に之と同等以上の資格ありと認めた者となる。
昭和31年6月27日 神職養成に関する神社本庁規定第4号により、本学院は甲種普通神職養成機関として卒業生には正階を授与されることとなった。
但し教科学習2ヵ年、社務実習1ヵ年の履修が必要となる。
昭和37年4月 本庁規定第4号より9月迄、後期は10月より3月迄とし、生徒全員特定神社に分散寄宿し、各神社指導主任より訓育を受けつつ、前期は午後5時より夜間授業を、後期は午後1時より昼間授業を受けることとなる。
昭和47年4月 本年度新入生より各社分散授業を廃止し、石清水八幡宮の一部を借用し、1年全員会館内に寄宿し、午前中同宮にて社務実習、午後より登校学習するよう改正される。但2年生は従前通り各社にて分散実習の上、午後より学習す。
昭和48年4月 本年度より、1、2年全員、石清水八幡宮にて寄宿し、同宮にて午前中年間計画に基き、社務実習を行い、午後1時より本学院にて教科学習をすることと改正され、現在に至る。
昭和60年9月20日 創立80周年物故者慰霊祭斎行、記念式典並同窓会総会、及び祝宴挙行。
(於石清水八幡宮研修センター)
平成6年3月12日 午後1時より、新校舎講堂神殿鎮座祭斎行。午後2時より新校舎・管理人棟建設竣工祭並びに式典及び祝宴挙行。(会場・京都國學院・京都グランドホテル)
新校舎並びに管理人棟概要
 校地面積 266.2坪
 校舎延面積 151.3坪
 仕様 鉄骨造2階建(玄関部分木造)
 管理人棟 延面積18坪
 仕様 鉄骨造プレハブ式
平成7年10月24日 京都皇典講究所創立110周年京都國學院開学90周年記念大会並同窓会総会及び祝宴挙行
(会場・京都國學院・京都センチュリーホテル)
以後毎年10月24日を以て京都國學院の創立記念日と定める。
平成11年11月29日 新学生寮(青雲寮)竣工祭斎行、竣工式典挙行。
(於石清水八幡宮研修センター)
平成14年8月7日 神社本庁にて規定改正が行われ、普通課程はT類(1年課程・権正階授与)・U類(2年課程・正階授与)の2種となり、専修課程(2年課程・明階検定合格正階授与)が新設される。
平成17年10月4日 学校法人京都皇典講究所創立120周年京都國學院開学100周年記念式典を挙行。
(午前 奉告祭斎行・於学舎講堂−午後 記念式典挙行・於ホテルグランヴィア京都)
平成29年4月1日 京都皇典講究所奨学金制度開始
特別推薦入試導入